Działalność koncertową rozpoczął na początku studiów w Krakowskiej Akademii Muzycznej , odbywając dwukrotnie jako organista - solista wraz z Krakowskim Akademickim Chórem "Organum" tournee koncertowe obejmujące większość krajów europejskich. Zwieńczone sukcesami koncerty podczas międzynarodowych festiwali muzyki sakralnej i organowej oraz uzyskane nagrody otworzyły mu drogę do udziału w większości polskich festiwali muzyki organowej oraz kościołów i estrad europejskich, Izraela, Rosji i USA. W roku 1996 otrzymał stanowisko organisty krakowskiej Bazyliki Mariackiej, gdzie oprócz gry organowej podczas uroczystości kościelnych, w ciągu każdego roku wykonuje kilkanaście recitali organowych. Od roku 1999 pracuje również w Katedrze Organów Akademii Muzycznej w Krakowie oraz prowadzi Klasę Organów w Zakładzie Muzyki Kościelnej.

Marek Stefański wystąpił dotychczas z koncertami w Niemczech, Francji, Hiszpanii, Belgii, Holandii, Luksemburgu, Szwecji, Danii, Włoszech, Ukrainie, Litwie, Rumunii, Mołdawii, Izraelu, USA, Ekwadorze, Rosji, Uzbekistanie i na Węgrzech, gdzie od roku 1999 dzięki zaproszeniu na koncerty w Moskwie i innych miastach stał się jednym z najbardziej popularnych tam zagranicznych organistów, występując z recitalami w większości rosyjskich sal koncertowych i kościołów. Marek Stefański stał się zasłużonym propagatorem polskiej muzyki organowej, szczególnie XX wieku, którą wykonuje równolegle ze sztuką improwizacji organowej. Polską współczesną muzykę organową prezentował m.in. w ramach Forum Europeen d'Art Sacre, Festiwalu Muzycznego Florida International University w Miami, Forum Kultury Europejskiej w Izraelu, Sezonu Polskiego we Francji (recital organowy w katedrze Notre Dame w Paryżu) oraz podczas Pierwszego Międzynarodowego Festiwalu Muzyka Kościołów Swiata w Archikatedrze Moskiewskiej i Dni Kultury Polskiej w wielu miastach europejskich (Sztokholm, Kopenhaga, Bruksela, Norymberga, Miami, Lwów, Kijów, Wilno, Moskwa, Irkuck) oraz Quito (Ekwador). Jego udziałem stały się liczne prawykonania utworów współczesnych polskich kompozytorów (W. Gieburowski, K. Moszumańska - Nazar, T. Machl, J. Kaszycki, L. Skoczylas) oraz polskie prawykonania dzieł kompozytorów francuskich (O. Messiean, P. Cochereau, N. Hakim), które następnie zarejestrowane zostały jako nagrania archiwalne. Dokonał także licznych nagrań archiwalnych dla Polskiego Radia, Telewizji Polskiej oraz wielu rozgłośni zagranicznych, jak również dla wytwórni fonograficznej "DUX" (dziewięć płyt CD). Obok intensywnej solistycznej działalności koncertowej współpracuje z licznymi zespołami chóralnymi oraz wybitnymi wokalistami i instrumentalistami.